Тут две задачи - решение для фронта и решение для серверной части
Для фронта
Alexander Sydorenko уже порекомендовал jcrop, который будет передавать координаты.
Для сервера, попробуйте Imagine, что бы не забивать голову низким уровнем GD или imagic:
www.slideshare.net/avalanche123/introduction-toimagine 
