В Win7 должна кажется быть утилита robocopy. Посмотрите ее справку — возможно, она решит все проблемы без дополнительного ПО.
Так же посмотрите на nnbackup — бесплатная консольная утилита, я ей как раз синхронизирую систему каталогов на работе, дома и в бекапах. Там можно настроить что именно синхронизировать, что исключить, можно настроить аддитивный бекап и еще вагон всяких возможностей.