На транспортном/сетевом уровне - TCP/IP. Дефолтовый порт, который прослушивается сервером mysql - 3306. Никаких апачей ставить не нужно, доступ осуществляется с любого компьютера сети путем установки TCP подключения. Поверх TCP идет собственный бинарный протокол mysql. Никак особо он не называется - просто mysql protocol. Протокол формализует как формат передачи полезной нагрузки (запросы, результаты запросов, prepared statements), так и некоторые инфраструктурные вопросы, например аутентификацию и подпротоколы сжатия и шифрования.
Вручную эти протоколы не реализует практически никто, т.к. они уже реализованы создателями клиентских библиотек для разных языков и платформ. Именно библиотеки являются основными реализациями клиентской стороны протокола и используются в большинстве приложений, работающих с mysql-сервером.
