Какую Архитектуру базы данных?

Зачем:

serials_series:
- id (1, 2, ...)
- serial_id `serials.id` (1, 2, ...)
- number (1, 2, ...)
- voiceover_id `serials_voiceovers.id` (1, 2, ...)

если следующие 3 поля дают всегда уникальную комбинацию?

Вопрос, понимаю, религиозный. Синтетика vs. Натурель ;)

Как спроектировать базу данных?

>> классы - предметы (много ко многим), школьники - предметы (много ко многим)
Эти связи равнозначны в условиях отечественного образования, когда все ученики 1 класса изучают одни и те же предметы. Правильно "класс-предмет" и "школьник-класс".
Если про "ненашу" систему образования, когда ученики одного класса могут изучать разные предметы, то тогда нужны связи "класс-школьник" и "школьник-предмет".

Как спроектировать базу данных?

В школьном журнале, если не ошибаюсь, хранятся оценки, полученные в течении года, а не годовые. Если так, то таблицу "Оценки" обязательно нужно дополнить датой. Впрочем, это касается и остальных таблиц, для которых будет достаточно года.
Ещё бы, в зависимости от необходимого "функционала", добавил таблицу связи "Предмет-Класс" (например, для составления расписания).
Всё остальное перекрывается имеющимися таблицами.