Ну, готовый бесплатный инструмент - это яндекс.вебмастер и гугл соответственно. Там ведется вся статистика по обходу страниц, коды ответов, ошибка, какие конкретно страницы перестают работать и тд. Лучше не найти.
Плюс обязательно после включения нового дизайна логируйте себе куда-то все 404 и первые недели мониторьте глазами на всякий случай.
