Вы можете наложить нужные районы города многоугольниками (полигонами).
Вот пример работы в песочнице:
https://tech.yandex.ru/maps/jsbox/2.0/polygon
Вот ещё хороший, подробный пример для новичка:
webmap-blog.ru/yandex-maps/risuem-mnogougolnik-na-...
Чтобы руками не обрисовывать все районы, вы можете найти готовые варианты списка вершин. Я тут было начал писать список источников, но наткнулся на интересное обсуждение на профильном форуме, где есть обсуждение со всеми возможными вопросами:
forum.openstreetmap.org/viewtopic.php?id=20190
Читайте до конца, там много ссылок.
