Илья

Думаю, для полноты картины нужны 2 проверки:
1. Видеокарту проверить на другой машине.
2. В компьютер поставить другую карту - вдруг в материнке вопрос?

Посмотрите эту тему: unix.stackexchange.com/questions/90290/how-to-disp...

У меня с большими проблемами работает принтер на 3.0, так же на Хабре проскакивало про проблемы совместимости со многими устройствами.
Да и вообще в интернете частое обсуждение. Вот вопрос на тостере на похожую тему:
Порты USB 3.0 не видят внешний винчестер
Там есть предположение по настройке питания порта, в интернете тоже встречал, попробуйте.