Так как сайты будут одной тематики это означает, что у них будет пересечение семантики (ключевых запросов). Для Яндекса это будет сигналом для
аффилирования двух ресурсов.
Как не попасть под фильтр аффилирования:
- Работать с сайтами с разных IP (на всякий случай).
- Заходить с разных аккаунтов Яндекс Вебмастера (или с агентского, по гостевому доступу).
- Полностью изменить контактные данные, лого, и др. комерческие факторы ранжирования, чтобы убедить ПС, что это два разных сайта.
- Работать с контентом и наполнением сайта, пересечения должно быть минимум.
И ещё придется работать и с сылочным профилем этих сайтов, чтобы ПС не подумала, что это сетка ради ссылок и т.д. и т.п. Если есть время и деньги — то можно попробовать занять несколько мест в выдаче, но если не хотите заморачиваться, то лучше не стоит, т.к. заработаете фильтр и все).
Тут уже думайте сами, решайте сами!