Ты используешь pandas датафрейм, потом начинаешь чего то изобретать. Pandas фрейм имеет метод to_sql
https://pandas.pydata.org/docs/reference/api/panda.... Ему надо передать имя таблицы, объект соединения, так же у него есть параметр if_exists, которому можно присвоить значение replace. И будет перезапись.
Раз уж у тебя есть фрейм то и оставайся в рамках датафрема сформируй необходимый подсет. И без cursor.execute отправляй в любую базу в том числе и в sqlite.
