Я бы не сказал, что cron с этим не справится. На cron какие только велосипеды не писались, поэтому стоит попробовать.
Но давайте отбросим костыли и попробуем сначала все сделать по фэншую. Вы сообщения принимаете от пользователей в ЛС сообщества? Если да, то
Callback API - ваш верный друг. Используя эту штуку, ВК сам будет сообщать POST-запросами вашему скрипту, когда вам написали в ЛС сообщества. А вы уже там сможете сразу текст для ответа подобрать и стандартными методами API ответить на него.
Если вы принимаете сообщения со страницы пользователя, то готовьтесь собирать велосипед из крона. По хорошему вам следует запускать 2 скрипта: первый с интервалом в ~5 секунд будет добавлять сообщения пользователей в базу данных, а второй с интервалом в секунду будет проверять эту базу данных и отвечать на эти сообщения. Для красоты можно это все через метод
execute реализовать, чтобы хоть как-то обойти ограничение на 3 обращения к API в секунду.
UPD.
Также посмотрите на
Long Poll. Сам никогда не работал с этой фичей, но, возможно, это то, что вам нужно.