Почему открываются разные pop-up а в них одно и тоже видео?

И вообще на первые 3 ссылки открывается один и тот же попап

Как сохранить состояние между переходами?

localStorage для таких целей будет намного лучше, во первых он не очистится сам по себе, во вторых куки имеют гораздо меньший объем памяти, ну и в третьих у кук нет такого удобного API для создания/редактирования/удаления.