GoAi

Ответ найден в комментариях репозитория автора flask-security.

Переделал callback_query_handler. Догадался что нужно обработку всех кнопок делать в одном декораторе. Всё заработало.

@bot.callback_query_handler(func=lambda call: True)
def callback_inline_menu(call):                                    #функция обработчик callback данных пользовательского выбора
    if call.data == "Yes":                                          #если выбор "Да" то запускается функция со второй клавиатурой
        return response_data(call.message.chat.id)
    elif call.data == "No":
        bot.send_message(call.message.chat.id, "Попробуйте ещё раз")
    elif call.data == "short":                                                   
        bot.send_message(call.message.chat.id, query_db(a[0],"short_info"))     #выдается краткий отчёт 
    elif call.data == "long":                                             
        bot.send_message(call.message.chat.id, query_db(a[0],"long_info"))      #выдается полный отчёт