Gip

отправлять письмо в html, а там:
<a href="tel:79999999999">+7 (999) 999-99-99</a>

если город несуществующий то своя SVG + какая-то JS-библиотека для масштабирования и скролла типа https://github.com/cubiq/iscroll.

id должен быть уникальным

просто сначала у всех удалить, и тут же добавить нужному active)

$('li').removeClass('active');

$(this).addClass('active')

а где у вас на это назначаются слушатели нажатия? не увидел.
кроме того их при каждой перезагруге аяксом придется переназначать т.к. это новые контролы, либо генерите ссылки обычные в href

'<td><a id="'.$value[0].'" class="editing" href="#"><i class="ion-compose"></i></a></td>'.
    '<td><a id="'.$value[0].'" class="removal" href="#"><i class="ion-close-round"></i></a></td>';

1. Не мучайтесь и используйте фрэймворк. Yii2/Laravel/Symphony etc.
2. Для статики используйте Webpack и собирайте им.

а те кто не слышал про модуль числа могут умножать на -1 если число < 0 ))