начальство сказало что будем подключать нового провайдера, для его работы на компьютерах нужно указать прокси, установить сертификат.
Не надо слушать каждого начальствующего придурка. Его дело - поставить задачу и заткнуться. А вот как её решать и что для этого решения делать - должен решать ты. Подключив к процессу голову.
Единственное место, где надо указывать настройки для новой схемы доступа - это сервер, который маршрутизирует клиентов в Инет, т.е. тот, на котором выполняется задача ИКС.
А все рабочие станции по-прежнему ходят в Инет через него - но по новому каналу. На них вообще никакие настройки не должны меняться.
Почему подсеть перестает видеть при включении прокси?
Потому что все маршруты похерены. Клиент пытается искать другие подсети через новый канал. И ещё ваше счастье, что новый провайдер не отрубил вас за серый флуд.