Т.к. ты создаешь скрипты в /var/prtg/scripts они удаляются после ребута скорее всего потому что каталог временный и находится в оперативной памяти.
Проверь: mount --types tmpfs
Попробуй создать скрипт в другом месте, не в /var
Что бы маршруты не терялись добавить их нужно в конфигурационный файл /etc/network/interfaces, а лучше отдельным скриптом в /etc/network/if-up.d/