генерируешь N парольных фраз, по команде старт бот спрашивает "скажи пароль и проходи" после чего если пароль совпал сохраняешь ID пользователя и пароль помечаешь как использованный
Единственная возможность спасти хоть что нибудь - произвести восстановление удаленных файлов(R-Studio и т.д.).
если необходимо восстановить все файлы то тут только платить злоумышленникам.