Самое надёжное - загрузиться с liveFlash
Можно просто с флешки-инсталлятора windows, но когда вам предложат приступить к установке, нажмите shift+f10 и запустите truecrypt
Кажется там будет и «восстановление загрузчика», но не уверен.
Но в любом случае вы сможете расшифровать винт, сбэкапить файлы.