Уже искал ответ по подобной проблеме, но как понял - адекватных решений пока нет.
В некоторых случаях можно применить такой подход:
$mv /мой_диск /mnt/временное_хранилище
$mv /mnt/временное хранилище /мой_диск
Но если на диске over9000 записанных байт, то это, ежу понятно, не дело. Зато можно поступать так с постоянно обновляющимися директориями.