Не нашёл полностью правильный ответ, поэтому напишу его.
По-умолчанию файловая система ext4 резервирует под служебные нужды 5% свободного места на разделе. На больших дисках это бывает много. Изменить такое поведение можно, сказав в терминал подмонтированному разделу:
tune2fs -m 1 /dev/sda1
где 1 - количество резервируемого места в процентах (0% тоже можно), а /dev/sda1 - раздел, к которому это применить
Эффект немедленный и без перезагрузок.
Также после этого можно слегка дефрагментировать этот смонтированный раздел:
e4defrag /dev/sda1
