Удалял с помощью данного "костыля"
- Открываем launchpad, берем нужную иконку и тянем её в док
- В доке кликаем правой кнопкой грызуна на эту иконку и в параметрах ищем пункт меню "Показать в Finder"
- Удаляем иконку в файндере
- Удаляем иконку в доке
- Profit!
Нашел его здесь
https://wired-mind.ru/post/193