Есть несколько подходов.
Один из них – тестировать только публичные методы пакетов, а файлы тестов держать в корне проекта.
Второй, и, мне кажется, более правильный – снижать связанность пакетов. Методы делать проще и более абстрактными, чтобы их было легче тестировать.