>Форматы (названия и расположение колонок и столбцов) у всех разные.
Боюсь уже сложновато будет делать... Без единого формата как понять какой столбец к каким данных относится?
Но я бы начал с Apache POI (для парсинга Excel) или jExcelApi+ Talend Open Studio. Если денег много, то IBM DataStage 9.1, там вроде бы появился стейдж для Excel.
Кроме того, есть решение использовать ODBC драйвер для EXCEL. В этом случае можно использовать любое ETL средство, имеющее либо JDBC/ODBC Bridge либо нативную поддержку ODBC.