Чем больше знаю, тем лучше понимаю, как мало знаю.
Ну вот так, сохранить в какой-нибудь 'script.sh', запускать через '/bin/sh script.sh':
#!/bin/sh
for FILE in $(find /mnt/d/logs -name config.ini); do
PORT=$(grep -oP "^port += +\K([0-9]+)" $FILE)
FND=$(grep "^${PORT}$" /mnt/d/logs/id_list.txt)
if [ "$FND" == "" ]; then
echo $FILE
fi
done