Для изучения всего пайплайна сборки Android-приложения достаточно просто прочитать официальную документацию.
Сборка кода низкого уровня выполняется через ndk-build и cmake.
Сборка APK выполняется через Gradle напрямую.
Android Studio ничего от разработчика не скрывает. Gradle по умолчанию встраивается в каждый проект Android-приложения. Gradle всегда настраивается руками, прямо в сценариях самого проекта. Для сборки APK требуется только сам проект, SDK и NDK. Студия не требуется, Gradle запускается из консоли. Сборку низкого уровня можно как встроить отдельным этапом в сценарий Gradle, так и сделать выделенным этапом, также запуская cmake/ndk-build из консоли.
И все это детально описано в документации разработчика по ссылкам выше.
Практически все вопросы решаются или через примеры в SDK, или через примеры в NDK.
Все продвинутые вопросы решаются или
в документации Gradle-плагина для Android, или
в документации к NDK-Build.