Добрый день! Недавно боролся с той же проблемой, у меня Hibernate 4.3. Помог следующий код:

public class HibernateUtils {

    private static final SessionFactory sessionFactory = buildSessionFactory();
    private static ServiceRegistry serviceRegistry;

    private static SessionFactory buildSessionFactory() {

        Configuration configuration = new Configuration();
        configuration.configure();
        serviceRegistry = new StandardServiceRegistryBuilder()
                .applySettings(configuration.getProperties()).build();
        return configuration.buildSessionFactory(serviceRegistry);
    }

    public static SessionFactory getSessionFactory() {
        return sessionFactory;
    }
}