В общем всё оказалось достаточно просто. В исходнике wixtoolset нужно найти id строк которые ходите переименовать и их нужно просто переопределить в файле локализации проекта.
<WixLocalization Culture="ru-ru" xmlns="http://wixtoolset.org/schemas/v4/wxl">
<String Id="WelcomeEulaDlgTitle" Value="Мой кастомный текст" />
<String Id="LicenseAgreementDlgLicenseAcceptedCheckBox" Value="Мой кастомный текст" />
<String Id="AdvancedWelcomeEulaDlgLicenseAcceptedCheckBox" Value="Мой кастомный текст" />
<String Id="WelcomeEulaDlgLicenseAcceptedCheckBox" Value="Мой кастомный текст" />
</WixLocalization>
ссылка где можно посмотреть все ID
https://github.com/wixtoolset/wix3/blob/bda1c281cb...