Однозначно не передавать все данные каждый раз. Добавить в данные поле "Ревизия", которое будет увеличиваться при каждом обновлении записи в таблице, на следующее глобальное значение.
При синхронизации - доставать из БД только те записи, ревизия которых больше чем последняя известная удаленному серверу, и передавать только их.
Изменяют данные в обеих БД, или одна из них однозначно владеет данными, а вторая только читает?
