На каждом диске может находиться один загрузчик. Сейчас у вас два загрузчика на двух разных дисках. Потому сейчас вам можно переключить первичное загрузочное устройство в настройках BIOS.
Если бы вы поставили винды и линукс на SSD, а HDD отвели бы им в качестве файловых хранилищ (допустим, диск D: для виндов и /home для убунту), то возможно было бы пользоваться одним загрузчиком.
И, да, с большой долей вероятности из виндов вам не получить доступ к файловым системам extN, которые используют убунту. Для доступа к важным файлам попробуйте воспользоваться LiveCD с той же убунтой.
