Fredcapit

На ASP.NET на IIS проблем не увидел. Приложение работает под своей учётной записью. Когда приходит HTTP-запрос и на IIS включена аутентификация NTLM или Kerberos, а также строка подключения к базе данных содержит параметр "Integrated Security = true", то подключение к базе осуществляется от имени пользователя.

Насколько я понимаю Ваше решение написано на C# c использованием ASP.Net
Рекомендую изучить возможности настройки вашего WebConfig. Так есть возможность добавить соответствующие настройки с указанием возможности доступа к разным страницами или анонимно или после аутентификации, а также для отдельных пользователей.
Вот курс ссылка с ASP.NET