С каждым вызовом questionGenerator на кнопку submitBtn навешиваются все новые и новые обработчики. Нужно либо навесить обработчик один раз, либо очищать предыдущие обработчики. Учитывая, что испобльзуемые переменные глобальные - вроде бы можно смело вынести навешивание обработчика из функции questionGenerator.
И да, я смотрел только один файл, ибо очень неудобно. Лучше выкладывать исходники на github или в codepen