Как могут забанить Telegram?

Денис Шелестов: тут сложно что-то предполагать. Но варианты:
1) Не шифровать
2) Хранить историю переписки и предоставлять ее по первому запросу
3) Научить пользователей пользоваться VPN
4) Перестать работать в РФ
И еще много вариантов.

Как могут забанить Telegram?

Денис Шелестов: Думаете что проблема забанить несколько IP? Или сразу блок IP, домен и поддомены?

Apache: как выдать другой файл при отсутствии файла?

Не подходит такой вариант. Если каждый файл обрабатывать через PHP, то сервер быстро ляжет.