Алексей Ярков, проблема решилась сама собой. Я написал в CodePen такой же код и проверил его. Он работал. Я его скопировал в sublime text и заменил точно такой же код. Сохранил, открыл, работает. Очень, очень странно.
Все находится в одном файле style.css . Если бы он не подключился, шапка бы явно не выглядела по-человечески. Я даже пробовал там цвет менять, чтоб проверить работает ли вообще. И да, цвет менялся, это работало. Но вот transition: color 0.2s linear; и подчеркивание работать не хотят.