Fordimm

проверьте, какой контекст у внешних линий и какой у внутренних. если контексты разные, то и попадают вызовы в разные части конфига extensions.conf, вплоть до того, что если в extensions.conf нет контекста, указанного для внутренних линий, то и звонки идут либо на контекст default, либо вообще никуда не идут.

Хм, знакомые строчки.
Входящий контексты для внутренних и внешних вызовов - разные. Указываются стартовые контексты в sip.conf (В твоем случае в pjsip endpoint) для транков (внешние входящие) и тел. аппаратов (внутренние вызовы). Необходимо поместить данный участок конфига в оба контекста, а еще лучше, вынести его в отдельную подпрограмму и дергать ее из этих двух контекстов.