set $base /var/www/lfp/data/www/domain.com;
root $base/var/www/lfp/data/www/domain.com;
если правильно понял, то будет
root /var/www/lfp/data/www/domain.com/var/www/lfp/data/www/domain.com;
не думаю что у вас такой путь есть.
на деле как понял первое поле (path) до пути проекта, а второй (document root) где лежит точка доступа и нужно писать относительно первого пути