Flying

У вас потенциально две ошибки в приведённом коде:

1. В качестве возвращаемоног типа вы указываете \Collection, тогда как коллекции Doctrine - это \Doctrine\Common\Collections\Collection
2. Ваш код не создаёт эту коллекцию, соответственно если это не entity созданная самой Doctrine при загрузке данных из базы - значение $meta - null. Корректный подход - это либо инициализировать коллекции в конструкторе:

public function __construct() {
  $this->meta = new ArrayCollection(); // где ArrayCollection это \Doctrine\Common\Collections\ArrayCollection
}

либо непосредственно в методе:

public function getMeta() : Collection
{
    if (!$this->meta) {
        $this->meta = new ArrayCollection();
    }
    return $this->meta;
}

Ответы на ваши вопросы, очевидно, кроются в исходниках Doctrine:
Видно что поведение метода clear() зависит от того какую из сторон ассоциации вы очищаете. Также видно что если вы работаете с owner side ассоциации - то Doctrine создаёт новый snapshot.

Из кода методов getInsertDiff и getDeleteDiff видно что вычисление разницы происходит через сравнение snapshot'а с текущим содержимым коллекци, так что очевидно что в случае создания нового snapshot'а разница будет пустым массивом.

Проверить, вызывает ли сама Symfony метод clear() проще всего, поставив там точку останова.

Если говорить именно об аргументах контроллера, то они собираются в ArgumentResolver::getArguments() на основании метаданных (получаемых через reflection) из ArgumentMetadataFactory::createArgumentMetadata. Передача аргументов в action контроллера идёт при его вызове здесь.

Если же речь идёт об общем случае то там схема существенно сложнее т.к. непосредственно инициализация сервисов очень сильно отличается в зависимости от настроек контейнера в отношении конкретного сервиса (вспоминаем про factories, абстрактные сервисы и т.п.), но в общем случае все варианты приводят к генерации соответствующего метода в контейнере.