Flaker

localstorage

PHP выполняется на сервере, а Javascript на клиенте. jQuery — это библиотека для javascript, которая позволяет делать некоторые вещи проще, например отсылать запрос на сервер без перезагрузки страницы. Такой подход к построению веб-приложения называется Ajax.

Чтобы динамически обновлять контент, нужно отправлять запрос на сервер, а затем полученные данные вставлять куда требуется.

Для отправки запроса используй jQuery.ajax(), для обработки запроса на сервере и возврата данных используй PHP, когда данные поступили клиенту (В Callback метода .ajax) используй jQuery, чтобы обновить содержимое какого-либо блока.

Для задач, приведеных вами, достаточно знать только jQuery.
Для разработки проектов серьезнее, нужно освоить: Less/Sass, Grunt, Angular, Bootstrap ну и Raphael.

Тут идея вот в чем: Angular и Backbone это фреймворки, помогающие организовать структуру приложения. Если вы делаете свой проект, то, думаю, хотите, что-бы структура была удобной и понятной, соответственно используете фреймворки, которые определенным образом взаимодействуют с Backend'ом.

Если же речь идет о верстке и о доработке каких-то чужих решений, то достаточно ограничиться инструментами вроде Less/Sass и разобраться с Grunt'ом, для удобной работы.

Если js файлы подключаются через Asset Manager то www.yiiframework.com/doc-2.0/guide-assets.html

То есть, создаешь свой AssetManager наследуемый от AssetBundle и регистрируешь его (registerAssetBundle).

Ну или можно просто в хедере прописать все )