Берете например 1-3% от стоимости ПО и вводите как плату за поддержку.
От вас нужны быстрые багфиксы критических ошибок и обычные багфиксы в обычном рабочем режиме. Хотя по идее это вы должны делать бесплатно по договору в котором указаны гарантийные обязательства в течении некоторого срока.
Еще нужны выезды к клиенту для решения вопросов на месте.
Вам может позвонить админ в 3 ночи и спросить почему все упало или как запустить это ПО
Все должно быть прописано в договоре на разработку, после создаете договор на обслуживание который покрывает все что не покрывает на разработку (те же консультации ночью). При этом важно очень четко расписать все ситуации и скорость реакции. (например на критическую ошибку влияющую на работу ПО реагировать в пределах суток, а на опечатку в title 3 дня)