FirstJohn

Алиас настраивается в /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.inc , и иклюдится в файле конфигурации apache.

ispmgr.inc добавьте в Include только нужному домену, а глобальный Include уберите из /etc/apache2/apache2.conf.

Ребутить сервер не нужно после изменений, достаточно перезапустить Apache.

Если вы это все сделали, но не помогло, то ищите где еще может быть алиас указан.

Если панель управления (не важно BILLmanager или ISPmanager) работает через встроенный веб сервер ihttpd, то вот документация по его настройке - ru.5.ispdoc.com/index.php/%D0%9D%D0%B0%D1%81%D1%82...

То есть используете директивы certkey и cert.

Если панель работает через nginx, то устанавливаете сертификат в самом nginx. Директивы ssl_certificate_key и ssl_certificate