Filarru

Если сочетание (store_ID, item_ID) уникально, то достаточно первого варианта
Если нет, то второй, только вот без этого извращения PRIMARY KEY (store_item_ID, store_ID , item_ID), зачем тут оно? достаточно просто PRIMARY KEY(store_item_ID)
Ну и по названиям, достаточно во всех таблицах первичный ключ назвать просто ID, а не store_ID, item_ID и извращений уровня store_item_ID

Если это задача и вам нужны готовые ответы с решениями, то вы не по адресу.
Где ваши личные рассуждения? Где ваши предположения и на что вы опирались их делая?
Я могу тут сделать подсказку: что такое "код запаса товара", для чего он нужен как его интерпретировать в контексте заданных вами вопросов. Ещё с стоит подумать о дате и времени в этой таблице. Следовало бы упомянуть, что это не журнал состояний, а снимок состояния складов.

Если задача автоматизированной системы строить график уровня запаса (выполнять функцию подсистемы аналитики), то такая схема полностью уместна.
PS:
Но в реальной жизни у вас на месте таблички "Запас товара" будет "История завоза и вывоза товара", по которой у вас не будет явной цифры остатка товара, вам придется всегда его считать по sum() за период времени.