Если стоит Фотошоп — делайте в нём Action и натравливаете его на файлы из папки. Это самый простой и удобный вариант. Затратите по 30-60 секунд на создание Action и несколько минут на ожидание применения к вашим файлам.
Если фотошоп не стоит, скачивайте Imagemagick, разбирайтесь с параметрами и делайте пакетные файлы (две штуки) совершающие нужные действия над вашими файлами. Imagemagick умеет и вырезать фрагменты, и рисовать прямоугольники, и ещё тысячу других действий.
