у yii нету разделения на окружения по сути. Там есть только внутренняя переменная YII_DEBUG которая влияет по умолчанию только на компоненты фреймворка. Настройки логирования и разделение конфигов по окружениям - это ваша забота, вы можете сделать это дело как на основе проверки константы YII_DEBUG, так и своими силами (разные конфиги для разных окружений, кастыли из array_merge и т.д).
Я для своих проектов использую тот же подход что и в symfony. Конфиги хранятся в yml, общие части вынесены в config.yml, входная точка загружает config_prod или config_dev в зависимости от окружения требуемого. Дальше уже бутстрапер сам компилит конфиг, или же забирает его из кэша, ну и все.
По поводу консольных команд - логичнее их запускать в dev окружении (скажем что бы нивелировалось влияние кеширования каких-то данных или что там у вас может отличаться в настройках). Вы можете так же добавить в точку входа в консольное приложение какой-нибудь дополнительный аргумент аля --debug или --no-debug что бы переключать окружение.