Почитал про регулярные выражения в htaccess и пришел вот к такому решению, может кому-то еще пригодится:
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^domain.ru$|^(.*\.)domain\.ru$
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(.*\.)?(.*\.).*\..*$|^(.*).(.*)$
RewriteRule ^(.*)$ http://%2domain\.ru/$1 [L,R=301]
То есть будут перенаправлены все домены и поддомены не относящиеся к domain.ru. Поддомены перенаправятся на соответствующий поддомен у domain.ru, а домены второго уровня на основной - domain.ru. Адрес запрошенной страницы также передается.