Поскольку из поиска люди попадают в пост по заголовку, то отбросим несущественные заморочки автора с его текущим проектом и ответим на вопрос, который он вынес в заголовок:
Однозначно MarkDown.
Хтмл - это ужас, который надо валидировать, перевалидировать, форматировать и переформатировать на каждый чих. Править можно только в редакторе. Поменять один тег на другой головная боль на много часов.
Маркдаун легко читается, прекрасно редактируется, быстро корнвертируется.
Тут даже вопроса нет, что применять - окаменелое экскремент мамонта или новенький айфончик.
