<br> в текстовый файл? ставьте другой разделитель.
$('#load_div').load('123.txt'); сделайте console.log($('#load_div')); и посмотрите свойства у этого DOM элемента. Надо понимать, что innerHTML и innerText - вещи разные, а childNodes и children - тоже вещи не одинаковые.
var auto_refresh = setInterval(
function(){
$('#load_div').load('123.txt');
var container = document.getElementById("load_div");
var str = container.innerText;
var words = str.split(/\s/);
while (container.hasChildNodes()) {
container.removeChild(container.lastChild);
}
words.forEach(function (item,idx) {
var el = document.createElement('p');
el.setAttribute("class","chat");
el.innerText = item;
container.appendChild(el);
} );
}, 1000);
A vivid example of this bug that happened here. ))) DO NOT STORE HTML in TEXT data if it is initially was TEXT.