можно выяснить банальным bash скриптом
export script_name=my_script
if [ $( for i in $( ps -ef|grep ${script_name} |awk '{print $3}'); do ps -ef | grep $i|grep cron|grep -v grep; done|wc -l ) -eq 0 ]; then echo "run by user"; else echo "run by cron";fi