Просто добавтье в конец вашего js файла строку

document.addEventListener('DOMContentLoaded',function(){let a=document.querySelector('[value="4285958269"]'),b=document.querySelector('[value="56132132"]');a.addEventListener("change",function(){b.checked=a.checked})})

Например так - https://codepen.io/FETWEB/pen/bGvQdzY

У вас в коде есть сторока с jquery. Код как вы сказали в хедере. Смею предположить что jquery у вас подключен в футере. Надо чтобы ваш код выполнялся после подключения jquery.
Либо просто переписать строчку $('#fancybox-close').trigger('click');
на document.getElementById("fancybox-close").click();

Хедеру
position: absolute;
z-index: 100;
и убрать background если он есть

ну так перед записью в переменную counter в ней будет содержаться старое значение.