Для этого можно использовать модуль merge2:

import * as merge2 from 'merge2';
gulp.task('copy-template', ()=>{
  let tasks=[];
  for(var i = 0; i < directory.length; i++) {
    tasks.push(gulp.src(directory[i] + '**/*.*')
      .pipe(gulp.dest(directory[i] + 'template/')));
  }
  return merge2(tasks);
});

Либо использовать gulp4 и async/await из node v7 для того что бы самостоятельно ждать окончания выполнения асинхронной функции