Я все таки нашел причину, почему это происходит. Дело в том, что git add в pre-commit работает не в каждой версии и обсуждений на этот счет много.
https://stackoverflow.com/questions/51778574/git-a...
Его частое поведение он индексирует изменения, но они попадут только в следующий коммит. Т.е у вас появляются сразу два противоречивых сообщения, что изменения проиндексированы и одновременно что есть новые изменения, но они не проиндексированы. Просто хочу добавить, что я потратил 2 дня на поиска ответа.