Здравствуйте, попробуйте удалить из urlrewrire.php записи касательно фильтра и заново пересохранить компонент фильтра. так-же проверьте .htaccess на предмет не стандартной конфигурации. и вот привожу код из
urlrewrire.php на моем сайте, только заменил путь до section.php
'CONDITION' => '#^={$arResult["FOLDER"].$arResult["URL_TEMPLATES"]["smart_filter"]}\\??(.*)#',
'RULE' => '&$1',
'ID' => 'bitrix:catalog.smart.filter',
'PATH' => '/bitrix/templates/concept_phoenix_s1/components/bitrix/catalog/catalog/section.php',
'SORT' => 100,