As of MySQL 5.6.8, on Unix platforms, mysql_install_db creates a default option file named my.cnf in the base installation directory.
Почитайте вот в
официальной документации где могут располагаться конфигурационные файлы и в какой последовательности они используются.
Короткий ответ:
/etc/my.cnf
/etc/mysql/my.cnf
SYSCONFDIR/my.cnf
$MYSQL_HOME/my.cnf
